보석을 전문으로 대담한 도둑질을 반복하는 『괴도 에이프릴』. 어느 날, 깊은 산속 미술관에 한 통의 예고장이 도착했다. 『여신의 프리즘을 받으러, 때를 넘어 찾아가겠다 — 괴도 에이프릴』 저마다의 속셈을 품고 모인 일곱 명의 『탐정』들. 그러던 중, 돌연 일어난 처참한 살인 사건. 사라진 다이아몬드. 범인은 대체 누구인가? 과연 『여신의 프리즘』은 어디로……?

수세기 전의 문화가 뿌리내린 마을, 마치 시간이 멈춘 듯 한 토키토메 마을(時留村). 그 마을을 조사하러 온 기자가 어느 아침, 시신으로 발견되었다. 마을 사람들과 남자의 지인인 의사는 사건의 진상을 밝히기 위해 나선다.

눈을 뜨자, 그곳은 낯선 방이었다. 이 방뿐만 아니라, 이곳에 있는 사람들도, 자기 자신에 대해서조차 아무것도 알 수 없었다. 주변을 살펴보니 다른 사람들 역시 자신과 같은 상황인 듯, 혼란에 가득 찬 모습이었다. 그때 한 여성이 모두에게 말을 걸었다. “저를 포함해서 여기 있는 모두, 기억상실인 거죠? 이렇게 만난 것도 인연인데, 괜찮다면 서로 협력하지 않을래요?” 그녀의 제안에 당황하면서도, 지금으로서는 의지할 곳이 없으니 받아들이는 것이 현명할 것이다. 하지만 이때는 아직 알지 못했다. 자신이 왜 이곳에 있는지, 그리고 앞으로 어떤 사건에 휘말리게 될지를.

온천 투어에 참가한 6명의 남녀. 색다른 장소에서 진행되는 색다른 투어인 만큼, 별난 사람들만 모인 모습. 하지만 온천은 최고였고, 거기서 보이는 경치는 각별했다. 다음날 아침, 투어객 중 한 명인 「마강규」가 사체로 발견된다. 절벽에서 추락사다. 죽은 자는 말이 없다. 사고사냐 살인이냐? 진상은 수수께끼에 휩싸이는.....것이었다. 하지만 이 투어객 중에 우연히도, 죽은 자의 목소리를 말할 수 있는 인물 「무당」이 있었다. 그것도 혼자가 아니야, 전원이 무당인 것 같다. 이런 일이 있을 수 있는 것일까? 어리둥절하면서도 수사가 시작된다. 죽은 자의 목소리를 들어 진실을 파헤쳐라!

A현 S시에 자리한 사립 시라기쿠 학원은 세련된 교복으로 평판이 자자한 여학교다. 시라기쿠 학원은 독자적인 시도로 ‘츠인즈’라는 제도를 채택하고 있다. 츠인즈란 입학한 학생을 졸업까지 3년간 둘이 한 조로 묶어, 유대를 키우는 소중함을 배우게 하는 제도다. 또한 시라기쿠 학원에는 다양한 동아리 활동이 있다. 자유로운 교풍 덕에 학생들이 직접 동아리를 만들기도 한다. 인원이 많은 동아리에는 동아리방동 안에서 부실이 배정된다. 그러나 부실동의 방 수에는 한계가 있어, 모든 동아리가 부실동을 쓸 수 있는 것은 아니다. 인원이 적은 동아리는 ‘구교사’에 있는 교실을 부실로 배정받는다. ◇◇◇◇ ‘천문부’의 부실은 구교사의 한 방에 있다. 주된 활동은 별을 관측하는 것과 천문학을 공부하는 것. 어느 겨울날, 부원인 여섯 명은 천문부 부실에 모여 부장인 미소라가 우린 홍차를 마신다. ……저마다의 마음속에 어딘가 모를 위화감을 느끼면서. ‘여학교’ × ‘심령’ × ‘페어 머더미스터리’

그들은 어딘가 낯익은 방에서 눈을 떴다. 어스름한 그곳은 예전에 다니던 고등학교의 어느 교실. 그리고 옆에는 그 시절의 반 친구. 당황하는 그들 앞에 나타난 것은 아직 앳된 티가 역력한 한 소녀였다. 소녀는 고한다. 「4년 전 자살한 당신들의 반 친구인——— 내 언니의, 죽음의 진상을 밝혀 주세요. 하지 못하면 당신들은 죽어야 합니다」 당신들은 4년 전의 기억을 되살려야만 한다. 자신들이 살아남기 위해서. 스스로의 죄와, 봉인해 둔 감정과 마주하기 위해서.

어느 날 하늘에서 지식이 떨어졌다. 이 세상은 멋진 것들로 넘쳐흐른다. 일부러 만들어진 것처럼 아름답고, 기분 나쁠 정도로 다정한 그러한 비극이 어울리지 않는 세상에서 당신들의 이야기가, 시작됩니다.

이것은 「지키는」 이야기 — 사립 미카가미(水鏡)학원 초등부 6학년 학생들과 그 관계자들. 어느 날, 같은 반 친구 ‘룽’이 강에서 시체로 발견된다. 그의 책상에서는 “강에 놀러 가자”고 적힌 메모가 나왔다. 어제 그에게는 대체 무슨 일이 있었던 걸까.

여름방학의 보충수업으로부터 하교하던 날, 나는 죽었다. “정신이 들어? 아무래도 흡혈귀의 피를 감당할 정도로 운이 좋았던 모양이네. 아니, 흡혈귀가 되어버린 것은 전혀 운이 좋다고 할 수 없겠지만 말이야.” 죽음으로부터 돌아온 내가 처음 본 것은 눈부시게 아름다운 흡혈귀였다. 그렇게, 죽음 이후에도 계속되는 삶이 시작되었다.

미쓰코는 죽었다. 우리 다섯 명의 눈앞에서. 산속의 폐공장, 닫힌 지하 창고 안에서. 그곳에 그녀의 시신을 숨긴 우리는 사건의 일체를 감춰냈다. 폐공장에서 그녀가 죽은 것도, 거기에 우리가 관여했다는 것도. 우리 다섯 사이에 얽혀드는, 죄책감이라는 기묘한 연대감과 맞바꾸어. 모든 것은 기억의 저편으로 밀려났을 터였다. 그로부터 7년이 지난 어느 여름날. 우리에게, 그 폐공장으로 모여 달라는 메시지가 도착한다. 그 발신인은, 죽은 미쓰코의 여동생인 토코였다……