A현 S시에 자리한 사립 시라기쿠 학원은 세련된 교복으로 평판이 자자한 여학교다. 시라기쿠 학원은 ‘츠인즈’라는 독자적인 제도를 채택하고 있다. 츠인즈란 입학한 학생을 졸업까지 3년간 둘이 한 조로 묶어, 유대를 키우는 소중함을 배우게 하는 제도다. 2월의 어느 신월의 밤, 시라기쿠 학원에 다니는 학생회 임원들이 ‘소원을 들어주는 유령’을 불러내기 위한 ‘강령회’를 열었다. 강령회 도중, 갑자기 떨어지는 벼락. 새카매지는 교실. 잠깐의 혼란 끝에 불이 켜진다. 그러나 강령회 회장에는 아무 변화도 없었다. 하지만 갑자기 일어난 정전과 불가해한 발소리에 ‘소원을 들어주는 유령’의 존재를 느낀 소녀들은, ‘유령이 아직 학교 안에 있을지도 모른다’고 생각해 밤의 학교 탐색에 나서는 것이었다. ‘여학교’ × ‘심령’ × ‘페어 머더미스터리’

대학 여행 동아리에서 만난 여덟 명. 졸업하고 사회에 나온 뒤에도, 해마다 함께 길을 떠났다. 올해의 목적지는 후쿠시마 산중의 전통여관 '월형암'. 작년에도 묵었던 곳이다. 작년 월형암으로 향하던 길, 뒤늦게 합류할 예정이었던 전 총무 코가네 준은 도중에 교통사고로 세상을 떠났다. 그를 추모하는 마음까지 담아 다시 모인 자리. 그러나 우연인지 필연인지— 올해의 여행에서도 또 한 번, 비극이 일어난다.

1990년대, 일본. 신령에 의해 사람이 사라지는 「카미카쿠시(神隠し)」의 소문이 끊이지 않아 근린 주민들에게도 기피되는 「카고메노모리(駕籠眼森)」. 숲 깊은 곳에는 한 채의 저택이 있었다. 거기에 살고 있는 것은 저택의 당주와 그의 딸들 네 명. 그녀들은 결코 무대 앞에 나서지 않으며, 세상을 등진 듯 살아왔다. 어느 날, 그 저택에서 당주의 시신이 발견된다. 네 자매의 진료를 위해 방문해 당주의 시신을 발견한 네 명의 주치의들은 사건의 해명을 위해 의논을 시작하게 된다…….

2006년 일본. 도쿄도에 있는 사립 에이카 고등학교(英華高校)는 도내 굴지의 명문 진학교다. 1학년 때 수시로 이루어지는 개별 면담을 통해 학생이 지닌 개성이 발견되고, 2학년부터는 각자의 개성에 맞는 반으로 배정된다. 각 반에서는 일반 수업과 별도로 그 반의 특색에 맞춘 특별 수업이 진행되어, 학생이 가진 재능을 더욱 키우기 위해 힘쓰고 있다. 너희가 배정된 곳은 반 번호의 마지막인 2학년 16반. 반의 특색은 ‘문무양도(文武兩道)’다. 독특한 반 배정 방식 탓에 반마다 학생 수는 제각각이어서, 학년 전체 학생 수 300명에 비해 너희 반 학생 수는 고작 12명이다. 너희가 다니는 에이카 고등학교에서는 매년 8월 첫 주 4일간, 나가노현 산속의 민박에서 공부 합숙이라는 것이 열린다. 1, 2학년은 전원 참가가 의무이며, 반마다 남녀별 방과 교실이 배정된다. 세 끼 식사 완비, 남녀별 목욕탕, 각 방에 딸린 샤워실까지 숙박 시설로서는 나무랄 데가 없고, 숙소 뒤편에는 산의 풍경을 즐길 수 있는 전망대도 마련되어 있다. 합숙에는 세세한 일정이 있으며, 총 학습 시간은 27시간이다. 그리고 합숙 첫날을 마치고 둘째 날로 넘어가는 심야. 너희에게 반 친구인 ‘白月凛々’의 부고가 전해졌다. 소란을 진정시키려 분주히 뛰어다니는 교사들을 뒤로하고, 너희는 몰래 모여 있었다.

「저에게는 후회가 있습니다」 「나에게는 후회가 있습니다」 몇 사람이 단 한 줄, 그렇게 적어 올리면 회합이 시작되는 온라인 게시판. 누구나 아무 때나 들어올 수 있는 곳은 아니며, 후회를 품은 사람들만이 이끌리듯 도달하는 신기한 장소. ――당신에게는 어떤 후회가 있습니까?

앨리스가 죽었다. 정원에 붉은 장미 같은 피의 꽃을 피우며. 여왕이 외친다. “앨리스를 죽인 범인을 찾아라! 죄인의 목을 베어라!” 용의자는 트럼프 병대장인 스페이드, 하트, 다이아, 클로버. 네 사람은 앨리스를 죽인 범인을 찾기 위해 여왕의 명에 따라 조사와 토론을 시작하는 것이었다. 장미를 붉게 물들인 것은 누구인가?

수세기 전의 문화가 뿌리내린 마을, 마치 시간이 멈춘 듯 한 토키토메 마을(時留村). 그 마을을 조사하러 온 기자가 어느 아침, 시신으로 발견되었다. 마을 사람들과 남자의 지인인 의사는 사건의 진상을 밝히기 위해 나선다.

눈을 뜨자, 그곳은 낯선 방이었다. 이 방뿐만 아니라, 이곳에 있는 사람들도, 자기 자신에 대해서조차 아무것도 알 수 없었다. 주변을 살펴보니 다른 사람들 역시 자신과 같은 상황인 듯, 혼란에 가득 찬 모습이었다. 그때 한 여성이 모두에게 말을 걸었다. “저를 포함해서 여기 있는 모두, 기억상실인 거죠? 이렇게 만난 것도 인연인데, 괜찮다면 서로 협력하지 않을래요?” 그녀의 제안에 당황하면서도, 지금으로서는 의지할 곳이 없으니 받아들이는 것이 현명할 것이다. 하지만 이때는 아직 알지 못했다. 자신이 왜 이곳에 있는지, 그리고 앞으로 어떤 사건에 휘말리게 될지를.

마녀란 악을 멸하는 슈퍼히어로. 사회 곳곳에 퍼진 범죄자를 해치우고, 마을의 평화를 지키는 것이 그녀들의 일이다! ――그런 마녀들이 사는 저택에서 살인사건이 일어나고 말았다! 동료를 해치다니 용서할 수 없어! 때로는 부드럽게, 때로는 엄격하게, 그리고 때로는 마법으로 간섭하며, 서로 이야기해 범인을 찾아내자!

시대는 19세기 말 런던. 아이린 애들러가 주연을 맡은 오페라 공연의 리허설 도중 갑작스러운 정전이 일어나, 공연장인 가극장이 술렁였다. 얼마 지나지 않아 조명이 복구되고, 안도한 것도 잠시. 가극장의 지배인 「헨리 웨스턴」이 타살체로 발견된다. 리허설에 참여하고 있던 인물들은, 처참한 그의 모습에 당혹감을 감추지 못하지만, 그들 안에 있어야 할 아이린 애들러의 모습은 어디에도 없었다.