1996년 10월. 도쿄 근교에 위치한 사립 에이카 고등학교는 명문 진학교를 지향하는 신설 학교다. 입시 난이도는 보통이고 진학교라 부르기엔 아직 실적도 거의 없는 것이나 마찬가지지만, 설비 투자를 아끼지 않을 것이라는 기대 속에 우수한 학생들이 모이기 시작해, 현재는 한 학년에 약 120명, 4개 반이 되었다. 성적순으로 반 번호가 작아지는 반 편성 방식으로 경쟁심을 강하게 부추기며, 우수한 학생에게는 수업료 면제도 주어지는 ‘실력주의’ 학교다. 현재 에이카 고등학교에서는 어떤 괴담이 떠돌고 있었다. ‘예전에 에이카 고등학교에서 한 여학생이 괴롭힘을 견디지 못해 자살했다. 그 여학생은 무척 아름다운 얼굴이었지만, 발견이 늦어지는 바람에 들새들에게 쪼여 본인인지 알아볼 수 없을 만큼 참혹한 모습으로 발견되었다. 그 뒤로 해 질 무렵이면 새 울음소리와 함께 그 여학생의 혼령이 교내 어딘가에 나타나게 되었다’는 것이다. 최근의 오컬트 붐까지 겹쳐서인지 많은 학생들이 교칙을 무시하고 교내에서 담력 시험을 감행하게 되었고, 교직원과 학생회 임원들까지 그 대응에 쫓기는 지경이 되었다. 1996년 10월 18일, 하교 시간이 지난 교내에서 2학년 1반에 재적 중인 여학생 ‘구자쿠 미도리’가 바깥 계단에 쓰러져 있는 채로 발견되었고, 마찬가지로 교내에 남아 있던 너희들은 그녀가 옮겨진 보건실 앞에 모이게 되었다.

플레이어는 전원 슬라임! 상대가 어떤 슬라임인지 추리해서 승리를 노려라!!

――그 ‘정의’는 정말로 옳은 것인가. 세계를 지켜보는 심판의 신 《녹스 베리타스》에 의해, 5명의 인간이 ‘신의 성’으로 초대된다. 각자가 품은 과거와 비밀. 교차하는 정의와 진실. 그리고―― 죄 없는 자가 희생되는 세계를 끝내기 위한 선택. 이것은 ‘누구를 심판할 것인가’가 아니라, ‘무엇을 진실로 할 것인가’를 묻는 이야기.

이곳은 밤의 나라. 사람들은 랜턴 불빛으로 주위를 밝히며 살아간다. 왕족도 서민도 모두 교회의 가르침과 시계탑의 종소리에 따라 살아간다. 조금, 신기한 나라. 이것은 그런 나라의, 어느, 한 이야기.

여기는 천사가 있는 세계. 그 존재는 일반에 알려져 있지 않으며 계약자인 인간만이 알고 있다. 상처를 품은 네 사람과 네 명의 수호천사. 그들에게 한 통의 편지가 도착한다. ――그날 천사에게 구원받은 당신과 이야기를 나누고 싶다. 천사의 존재를 아는 수수께끼의 노인에게서 온 편지를 의아하게 여기면서도 초대에 응하기로 한다. 모인 그날, 저택의 주인이 목숨을 잃는다. 수호천사들은 무엇을 알고 있었던 것일까. 모든 진상을 알았을 때, 당신이 내릴 선택은――. 피날레는 예외 없이 찾아온다. 그것은 두 번 다시 일어나지 않는――경화수월.

갑작스러운 어둠, 그 직후의 기억은 강한 빛을 받았던 것. 통증 같은 건 없었지만, 당신은 자신이 죽었다는 것을 인식한다. 죽음을 인식하자마자 후회와 미련이 넘쳐흐른다. 발버둥 치지만 아무것도 하지 못한 채 사라져 가는구나 생각하던 그때, 목소리가 들린다. “그렇게 하고 싶은 일이 있다면, 내가 도와줄까?” 악마의 속삭임 같은 말이었지만, 분명 자신에게는 다 하지 못한 일이 있다. 시키는 대로 손을 뻗고 눈을 뜨니 “좋은 아침. 나의 귀여운 doll들” 아까 그 목소리의 주인이 미소 짓고 있었다. 돌아갈 수 있는 건 3명뿐, 기억의 보석을 모으며 누구를 남겨야 할 것인가 추억의 게임이 시작된다.

「여어, 동지 여러분. 오늘 기분은 어떠신가? 흠, 신의 장난 같은 실종과 절도가 동시에 일어난 모양이군. 좋다. 그렇다면 “해적 재판”이다.」 이곳은 18세기의 카리브해. 늘 여름인 바다 위. 우리는 오늘도 해적으로서, 울적하면서도 바쁜 나날을 보내고 있었다. 그런데 어느 아침, 사건이 일어난다. 선장이 사라진 것이다. 어디에도 모습이 보이지 않는다. 게다가 얼마 전 손에 넣은 『마법의 해도』까지 사라졌다. 선장은 살해당한 걸까? 사고에 휘말린 걸까? 아니면 해도의 저주에 걸린 걸까? 부선장은 선원들을 모아 『해적의 규율』에 손을 댄다. 해적 재판이 지금, 열렸다.

도키기리시에 갑자기 발생한 타임홀. 그것은 두 시대를 잇는 시공의 구멍이었다. 크로노스――시공감사관이라 불리는 자들이 파견되어, 여느 때처럼 사태 수습에 나서려던 그때. 두 명의 시공감사관이 목격한 것은 인간의 시체였다. 그것도 두 시대에 한 명씩. 불가해한 사건을 해결하기 위해 네 명의 용의자와 함께 조사를 시작한다. 그것이 미래를 바꾸는 일로 이어진다는 것도 모른 채.

서력이 잊힌 아득한 미래의 지구. 문명이 쇠퇴하여 멸망만을 기다리는 시대가 되어 있었다. 남겨진 얼마 안 되는 생존자들은 아무 생각 없이 떠돌이로서 그날그날 살아가고 있었다. 떠돌이들은 자신의 직업을 교역품으로 만들어 내다 팖으로써 풍요로운 생활과 보람 있는 나날을 보내고 있었다. 그러던 어느 날 사건이 일어났다.