이곳은 어느 남녀공학 고등학교. 그곳에는 여러 이유로 집에서 통학할 수 없는 학생들을 위한 작은 남자 기숙사가 있었다. 이 기숙사에서는 청소 분담 등을 목적으로 방 줄마다 반이 꾸려져 있다. 그중에서도 제1반은 성격이 정반대인데도 서로 이름을 부를 만큼 사이가 좋아, 신기한 5인조로 유명했다. 그런 5인조가 여느 때처럼 평화롭게 지내던 어느 날, 반 멤버인 히로가 이른 아침부터 1반의 네 사람을 향해 소리쳤다. “누구야! 어제 방에 여자 데려온 거!”

—— 가부라기 렌 너는 눈을 뜨자 병실에 있었다. 창가에 낯선 여자가 서 있다. 달빛이 그림자를 드리워 표정은 알 수 없다. “가부라기 렌에게 가족을 잃었어 ——” 투명하리만치 차가운 목소리가 병실에 울렸다. 오늘 밤, 너희는 가부라기 렌의 죄에 대해 이야기를 나눈다. 날이 밝을 무렵에는 누군가가 죄를 갚고, 누군가가 목숨을 잃을 것이다.

이곳은 비밀기지. 네로넷코를 비롯한 고양이들이 모이는 장소. 동네 소문이며 움직임 등, 아무튼 정보를 얻기 위해 만들어진 비밀 고양이 조직이 있었다. “냐, 냐……냐아아아없어!!” “내 고급 고등어 통조림이!! 없다냥!!” 그러던 어느 날 아침, 갑작스러운 비명 소리! “범냥이는 분명 이 안에 있다냥!” 소중히 아껴 두었던 네로넷코의 고등어 통조림을 먹은 고양이를 찾아내라! 좌충우돌 코미디 냥더 미스터리, 지금 개막!

“내 슬리퍼가 없어졌다” 요즘 우리 학원에서는 장난이 문제가 되고 있다. 치사한 장난뿐이라, 누가 범인인지는 밝혀지지 않은 모양이다. 친구 중에도 피해를 본 녀석이 있긴 했지만, 설마 나까지 당할 줄이야……. 이것은 남고생들이 엮어 가는 일상계 미스터리.

――점심시간 안뜰 벤치에서 꾸벅꾸벅 졸고 있던 어느 남학생이 소란을 피우기 시작한다. 그 입술의 따뜻하고 부드러운 감촉은…!? 이것은 ‘좋아해’에서 시작되는 네 명의 고등학생의 어느 이야기.

이것은 미스 머더의 시크릿 케이스. X월 4일, 자정을 조금 넘긴 시각. 에니그버러 곳곳. 오래전부터 일대에 똬리를 튼 마피아의 별난 웹 회의가 시작되었다. “뭐? 사이토가 살해당했다는 건가……” 회의 도중 불쑥 들려온 목소리에 장내가 쥐 죽은 듯 조용해진다. 그에 대해 네 명의 인물이 입을 연다. “”“”내가 사이토를 죽였습니다“”“” 우연히도 겹친 네 개의 목소리. 무엇이 거짓이고, 무엇이 진실인가. 달이 두꺼운 구름에 가려졌다. 어둠 속의 논의가 조용히 시작된다.

마지막 저녁 식사가 끝나면, 우리는 더 이상 가족이 아니게 된다. 문을 닫는 하숙집 ‘아카리장’에 네 명의 옛 하숙생이 돌아왔다. 집주인에게 바치는 마지막 식사. 저마다 그리운 맛과, 말하지 못했던 것을 가지고. 그런데 그날 밤, 집주인 노노무라 도코가 목숨을 잃는다. 요리를 준비한 것은 당신들 네 사람이었다.

이곳은 어느 대학의 오컬트 연구부. 이야기는 부장 마키타의 무심한 한마디에서 시작됩니다. 마키타 “아무래도 이 근처 산에 사람으로 둔갑하는 너구리가 있다나 봐.” 이곳은 오컬트부. 이런 영문 모를 이야기에도 들뜨는 부원들뿐이었습니다. 세키네 “그럼 이번 주 금요일 15시에 마메다산 집합으로.”

마도구로 마법을 다루며 살아가는 네 나라의 사람들. 각자의 특색을 지닌 나라들이지만 다투는 일 없는 평화로운 세계. 그 세계에는 인간과 관여하려 하지 않는 이질적인 존재가 있었다. ‘드래곤’ 이 세계에서 그 존재를 모르는 자는 없다. 단 한 마리 존재하는 하늘의 지배자. 그리고 드래곤의 등에 타고 함께 여행하는 여성. ‘페이트’ 각 나라는 드래곤과 페이트를 【기피하고】【관심을 갖고】【숭배하고】【대등해지려 했다】 그런 인간들에게 아랑곳하지 않고 오늘도 자유롭게 하늘을 날아다닌다. 드래곤과 페이트가 인간과 관여하는 것은 5년에 한 번. 세계를 지키기 위해 각국에서 선발된 용사를 등에 태우고, 세계의 끝에 있는 드래곤의 거처로 데려갈 때뿐. 그리고 올해는 그 관례가 행해지는 해다. 각 나라에서 선발된 네 명의 용사는 페이트와 함께 세계의 끝을 향해 드래곤을 타고 하늘을 난다.

종업식 전날. 담임 선생님이 눈앞에서 쓰러졌다. 모인 증언들. 조금씩 드러나기 시작한, 선생님을 둘러싼 진실. 모든 진실이 밝혀졌을 때, 너희는 마지막 선택을 강요받는다. 그 진실을 받아들일 것인가. 아니면——. 네 명의 중학교 2학년생이 되어 진상을 쫓자.