어느 날, 문이 열리고 세계의 경계는 소실되고 말았다. 인간과 신령이 뒤섞여 세계는 혼돈이 되었고, 멸망하려 하고 있었다. 이것은 세계를 구하려 발버둥 친 소년소녀가 보내는 마지막 시간의 이야기이다. 환상 속에 갇힌 그들은 【모순】을 찾아내고 진실과 마주할 수 있을 것인가.

“──이것은 우리가 하늘에 바치는, 작은 기도의 이야기” 당신들은 세이카 시립 세이카 고등학교에 다니며, ‘시라유리 치사토’가 설립한 동아리 ‘역사연구부’에 소속되어 있다. 11월 말, 전교 조회가 끝나고 여느 때처럼 동아리실로 향하는 일행. 하지만 그 안에 치사토는 없었다. 그들이 다음으로 치사토를 목격한 것은, 동아리실 바닥에 붉은 피의 꽃을 피우고 그 속에서 숨이 끊어진 그녀의 모습이었다. 성격도 좋고 문무를 겸비해 교내에서도 유달리 인기가 많았다. 어째서 그녀가. 남겨진 네 사람은 치사토에게 많은 신세를 졌다. “이 사건, 우리 손으로 범인을 밝혀내고 진상에 다다르고 싶다.” 네 사람은 세상을 떠난 치사토에게 그렇게 다짐한다.

――천사님들은 언제나 우리를 지켜봐 주고 있다. 고아원 ‘성 라파엘 릴리 원’. 이곳은 5살부터 18살까지 의지할 곳 없는 아이들이 협력하며 살아가는, 나라에서 가장 큰 규모를 자랑하는 고아원이다. 가끔 어른들이 찾아와서는, 가족으로 선택받아 이곳을 떠나는 아이도 있다. 그런 인생의 갈림길이라고도 할 수 있는 이곳에서, 당신들은 아직 이곳에 있다. 지금으로부터 수십 년 전, 일본이 아닌 어느 나라. ――이것은 고아원에서 생활하는, 어느 4명의 아이들의 이야기.

철거되는 폐교. 마지막 동창회 밤에, 선생님이 죽었다. 다음 달 철거되는 모교. 옛 3학년 2반 졸업생들이 15년 만에 모인 마지막 동창회. 한밤중, 폭풍이 교사를 고립시킨다. 정전. 전파도 끊겨 아무도 밖으로 나갈 수 없다. 그때 ── 아무도 없을 터인 교내에 방과 후 종소리가 울렸다. 아무도 없는 교실에서 들려오는 소리. 보건실 쪽에서 들려오는 흐느끼는 소리. 이윽고 보건실에서 당시 담임 고가 요시에가 쓰러져 있었다. 뒤통수를 세게 부딪쳐 숨이 없었다. 경찰도 구급차도 올 수 없다. 이 교사에 있는 것은 당신들 네 사람뿐. …… 정말로 네 사람뿐일까요. 진실을 알고 있는 것은 계속 울리는 종소리와 ── 이 중의 누군가.

어느 마을 변두리에 있는 ‘완파쿠 고교’. 이곳은 이름만 쓰면 붙는다는 바닥 수준의 남학교로, 수업에 나오지 않아도 진급·졸업할 수 있는 데다 학비가 극단적으로 싸다. 그래서 몰락한 불량배나 가계가 곤궁한 학생들이 모이는 학교로 유명하다. 수업을 빼먹는 학생이 많고 싸움이 끊이지 않는 나날이었지만, 학생들은 건강하고 평화로운 학교생활을 보내고 있었다. 어느 날 이른 아침. 그것은 2학년의 짱 같은 존재인 후지야마 츠토시의 한마디에서 시작되었다. 그의 격렬한 노호성이 2학년 교실에 울려 퍼졌다. “누구야, 아야메의 체육복 훔친 놈은!!”

내릴 수 없는 야간열차. 하나의 객실. 하나의 시험. 밤의 침대특급 ‘시로가네’에 킬러가 타고 있다. 이것은 조직이 전속 킬러를 뽑기 위한 시험. 표적은 3호차 7번 객실의 남자. 종착역까지 타고 내릴 수 있는 역은 없다. 어젯밤, 그 객실에서 무슨 일이 있었던 걸까.

동영상 방송 사이트의 인기 스트리머 루마루. 그는 타고난 꿀보이스와 미모로 방송계에서 절대적인 인기를 자랑하고 있었다. 우리는 그런 그의 방송을 매번 챙겨 보는 열성 팬 중 한 명이다. 루마루의 꿀보이스와 신급 비주얼에 힐링받는 평화로운 나날. 그러나 그러던 어느 날 엄청난 사건이 일어난다. 루마루가 여성과 팔짱을 끼고 걷는 사진이 SNS에 유출된 것이다. 사진은 순식간에 퍼져 나갔고, 진심으로 사랑하는 팬이 많은 그는 대형 논란에 휩싸였다! 여성 팬들의 비난 폭풍! “여자친구 없다는 건 거짓말이었구나!!” …… 뭐, 그런 건 우리 넷에게는 아무래도 상관없다. 누구야 이 여자는!! 우리 루마루 군에게 접근하다니 용서 못 해!! 루마루 군은 이 여자에게 꼬드김을 당한 게 틀림없어!! 이 여자가 악인 건 분명해!! 범인은 루마루 군 방송의 단골일 가능성이 높다…… 우리에게는 루마루야말로 정의, 그를 향한 사랑은 초모룽마급. 반드시 이 여자를 특정해서 박제해 주겠어!!!

아무 특별할 것 없는 한적한 시공간에 존재하는 추니 유치원이야. 여기 다니는 원아들은 평소엔 나이에 걸맞은 귀여운 아이들이야. 하지만 ‘칠흑의 종’이 울릴 때… 마음속에 있는 어둠의 주민이 깨어나 버리지. 그들이 깨어나면 반드시 문제가 생겨. 오늘은 글쎄, 시공의 코어를 누가 가져가 버렸나 봐. 공간이 무너지려 하고 있어, 이거 큰일이네. 하원 시간이 오기 전까지 해결해야 해.

여행의 방침을 두고 용사와 충돌한 당신들은 결국 그를 추방하는 것으로 다툼에 결말을 지었다. 그러나 그날 해 질 녘, 용사는 시체가 되어 발견된다. 용의자가 된 당신들은 범인을 추궁하기 위해 수사를 시작한다.

갑작스러운 어둠, 그 직후의 기억은 강한 빛을 받았던 것. 통증 같은 건 없었지만, 당신은 자신이 죽었다는 것을 인식한다. 죽음을 인식하자마자 후회와 미련이 넘쳐흐른다. 발버둥 치지만 아무것도 하지 못한 채 사라져 가는구나 생각하던 그때, 목소리가 들린다. “그렇게 하고 싶은 일이 있다면, 내가 도와줄까?” 악마의 속삭임 같은 말이었지만, 분명 자신에게는 다 하지 못한 일이 있다. 시키는 대로 손을 뻗고 눈을 뜨니 “좋은 아침. 나의 귀여운 doll들” 아까 그 목소리의 주인이 미소 짓고 있었다. 돌아갈 수 있는 건 3명뿐, 기억의 보석을 모으며 누구를 남겨야 할 것인가 추억의 게임이 시작된다.