세계에서 가장 인기 있는 트레이딩 카드 게임, 매직 배틀러즈. 그 이면에는 매직 배틀러즈의 인기를 이용해 세계 정복을 꾀하는 비밀 조직이 존재한다. 그 이름은 네크로플레임, 통칭 NF단. 어느 날, 한 외딴섬에서 NF단의 입단 시험이 치러지고 있었다. 입단 시험에서 끝까지 살아남은 자는 엘리트 단원으로 채용되어 간부로 가는 길이 열린다. 그러나 최종 시험 날 아침, 시험관을 맡기로 되어 있던 NF단 간부 킬 더 데스퍼레이드가 절벽에서 떨어져 죽은 채로 발견되었다. 사고인가? 아니면 누군가에게 떠밀린 것인가? 새로 시험관으로 파견된 NF단 간부 레이센 가나토는 최종 시험에 남은 야구루마 하지메, 가미하라 시덴, 하치타니 리카 세 사람에게 킬의 죽음을 조사하라고 명령하는 것이었다.

어느 고등학교에서 여학생이 2주 연속으로 행방불명되었다. 두 학생에게는 실종될 만한 이유가 보이지 않았고, 단서도 잡히지 않는 상황이었다. 그리고 두 번째 실종으로부터 일주일 뒤의 금요일 밤, 학교 음악실에서 여학생의 시체가 발견되었다. 그 자리에 있던 것은 전학생, 생물부원, 학생회장, 보건교사 네 사람. 그들은 경찰에 신고하려 했지만 전화가 전혀 연결되지 않는다. 어쩔 수 없이 직접 파출소로 가기로 하고 교사 밖으로 나가려 했지만, 현관문은 수수께끼의 힘으로 닫혀 있어 교사에서 나갈 수 없었다. 교사에 갇힌 일행은 교사에서 탈출할 방법과 사건의 범인을 찾기 위해 교사 조사를 시작하는 것이었다…