2025년, 일본은 악의 조직 ‘고쿠아크’의 위협에 노출되어 있었다. 고쿠아크는 특수 능력을 지닌 괴인을 잇달아 만들어 내 일본 각지로 보내고 있었다. 경찰이 괴인에 맞서고 있었지만, 괴인은 특수 능력을 가진 강화 인간이었다. 통상 무기로는 괴인들을 당해 낼 수 없다. 강도, 살인, 테러 행위… 나날이 악화되는 치안에 일본 전체가 절망에 휩싸여 있었다. 그런 가운데, 한 줄기 희망이 나타난다. 희망의 빛, 저스티스맨의 등장 빨간 타이츠를 몸에 두른 수수께끼의 히어로 ‘저스티스맨’이 갑자기 나타난 것이다! 그는 괴인들을 차례차례 쓰러뜨리며 사람들에게 희망을 가져다주었다. 일본 정부는 곧바로 그 히어로를 지원하기 위해 특수한 기능을 지닌 멤버를 모아 경찰청에 ‘히어로 특무과’를 설립. 어느 날, 괴인 조직 고쿠아크가 저스티스맨의 변신 방법을 해석해 냈다는 소문이 돈다. 본작의 플레이어 캐릭터인 히어로 특무과 직원 4명과 저스티스맨은 저스티스맨의 변신 방법을 연구하고 있다는 무인도의 연구소로 자료를 파기하러 향했던 것이었다…

오쿠타마의 깊은 산속, 저택에 있는 검은 전화기. 그 수화기를 들면 생각지도 못한 상대와 연결되고 만다. 전화 너머의 상대는 정말 믿을 수 있는 상대인가? 운명에 이끌린 두 사람의 대화가 오랜 수수께끼를 풀어낼 열쇠가 된다.