반년 전 여름, 어느 고등학교에 다니던 ‘아라키 코노미’라는 여학생이 세상을 떠났다. 그녀는 옥상에서 떨어져 즉사한 상태로 발견되었다. 경찰 수사에서는 옥상의 상황 등을 근거로 그녀의 죽음은 사고로 판단되었다. 그러나 사고사라는 판단에 납득하지 못한 어떤 인물이 있었다. 그 인물은 그녀의 죽음이 사고가 아니라 누군가에 의한 타살이라고 생각했다. 이 이야기는 그 인물의 복수 이야기다.

어느 대학의 어느 게임 창작 동아리에 소속된 다섯 명의 젊은이가 있었다. 남성 4명, 여성 1명의 평범한 동아리다. 다섯 명은 수업 사이 빈 시간이나 방과 후에 동아리방에 모여 신작 시뮬레이션 미스터리 게임 ‘육각관의 살인’을 개발하는 활동을 하고 있었다. 그러던 어느 날, 동아리 대표인 카이초가 멤버들에게 이런 제안을 했다. “‘육각관의 살인’ 개발을 위해, 여름방학을 이용해서 외딴섬으로 취재 겸 합숙을 가는 건 어떻노?” 그리하여 그들은 여름방학에 외딴섬에 가게 되었다. 슬픈 사건이 일어나리란 것도 모른 채….