수면이 상승해 육지가 줄어들고, 거주 가능한 육지가 사라져 가는 미래. 세계의 나라들은 하나가 되었고, 인류 정부가 정치를 행하고 있다. 그런 인류 정부 아래에서 인류는 물속에서 거주지를 찾으며 수중 탐사에 힘쓰고 있다. 아직 무인·유인 잠수함으로도 도달하지 못한 수심 1만 미터를 목표로, 챌린저 해연을 향해 잠수함 ‘딥 에포트호’와 승무원들은 도전하는 것이었다. 깊이 잠수할수록 선내의 긴장은 높아져 간다. 초심해 해구라 불리는 심해 6000미터에 이른 시점에서 사건은 일어났다. 선장 알폰스가 살해당한 것이다.