2006년 일본. 도쿄도에 있는 사립 에이카 고등학교(英華高校)는 도내 굴지의 명문 진학교다. 1학년 때 수시로 이루어지는 개별 면담을 통해 학생이 지닌 개성이 발견되고, 2학년부터는 각자의 개성에 맞는 반으로 배정된다. 각 반에서는 일반 수업과 별도로 그 반의 특색에 맞춘 특별 수업이 진행되어, 학생이 가진 재능을 더욱 키우기 위해 힘쓰고 있다. 너희가 배정된 곳은 반 번호의 마지막인 2학년 16반. 반의 특색은 ‘문무양도(文武兩道)’다. 독특한 반 배정 방식 탓에 반마다 학생 수는 제각각이어서, 학년 전체 학생 수 300명에 비해 너희 반 학생 수는 고작 12명이다. 너희가 다니는 에이카 고등학교에서는 매년 8월 첫 주 4일간, 나가노현 산속의 민박에서 공부 합숙이라는 것이 열린다. 1, 2학년은 전원 참가가 의무이며, 반마다 남녀별 방과 교실이 배정된다. 세 끼 식사 완비, 남녀별 목욕탕, 각 방에 딸린 샤워실까지 숙박 시설로서는 나무랄 데가 없고, 숙소 뒤편에는 산의 풍경을 즐길 수 있는 전망대도 마련되어 있다. 합숙에는 세세한 일정이 있으며, 총 학습 시간은 27시간이다. 그리고 합숙 첫날을 마치고 둘째 날로 넘어가는 심야. 너희에게 반 친구인 ‘白月凛々’의 부고가 전해졌다. 소란을 진정시키려 분주히 뛰어다니는 교사들을 뒤로하고, 너희는 몰래 모여 있었다.

1996년 10월. 도쿄 근교에 위치한 사립 에이카 고등학교는 명문 진학교를 지향하는 신설 학교다. 입시 난이도는 보통이고 진학교라 부르기엔 아직 실적도 거의 없는 것이나 마찬가지지만, 설비 투자를 아끼지 않을 것이라는 기대 속에 우수한 학생들이 모이기 시작해, 현재는 한 학년에 약 120명, 4개 반이 되었다. 성적순으로 반 번호가 작아지는 반 편성 방식으로 경쟁심을 강하게 부추기며, 우수한 학생에게는 수업료 면제도 주어지는 ‘실력주의’ 학교다. 현재 에이카 고등학교에서는 어떤 괴담이 떠돌고 있었다. ‘예전에 에이카 고등학교에서 한 여학생이 괴롭힘을 견디지 못해 자살했다. 그 여학생은 무척 아름다운 얼굴이었지만, 발견이 늦어지는 바람에 들새들에게 쪼여 본인인지 알아볼 수 없을 만큼 참혹한 모습으로 발견되었다. 그 뒤로 해 질 무렵이면 새 울음소리와 함께 그 여학생의 혼령이 교내 어딘가에 나타나게 되었다’는 것이다. 최근의 오컬트 붐까지 겹쳐서인지 많은 학생들이 교칙을 무시하고 교내에서 담력 시험을 감행하게 되었고, 교직원과 학생회 임원들까지 그 대응에 쫓기는 지경이 되었다. 1996년 10월 18일, 하교 시간이 지난 교내에서 2학년 1반에 재적 중인 여학생 ‘구자쿠 미도리’가 바깥 계단에 쓰러져 있는 채로 발견되었고, 마찬가지로 교내에 남아 있던 너희들은 그녀가 옮겨진 보건실 앞에 모이게 되었다.