‘마나’를 먹음으로써 먹이사슬에서 벗어나 문명을 쌓아 올린 옛 육식동물과 옛 초식동물들. 그러나 종족 간의 갈등은 남아 있어, 서로를 구별하며 살아가고 있었다. 극동의 섬나라 수도에 있는 ‘수도 고교 케모노 도쿄’는 옛 육식동물만 다니는 학교. 그곳에 입학한 최초의 옛 초식동물―― 수컷 염소 류트는 두 종족 간 융화의 상징이었다. 그러나 어느 날 아침, 류트는 교실에서 시체로 발견된다. 용의자는 넷―― 암컷 늑대 아냐, 수컷 호랑이 개러스, 수컷 표범 훔볼트, 암컷 양 메이. 과연 누가 류트를 죽였을까?