굶주림과 무질서가 지배하는 나라 텔레파시아. 그 중앙에는 ‘모든 것이 시작된 곳’이라고도 불리는 폐허가 된 탑이 하나 있다고 한다. 그리고 저마다의 목적을 품고 탑으로 모여든 다섯 사람. 하지만 그곳에 있던 것은 방 안 가득 퍼진 붉은 액체와, 천장을 바라보는 청년의 주검이었다.

나라를 떠받치는 명예로운 직책으로 번영했던 음양사. 하지만 나라가 음양사를 고용하지 않게 된 뒤로는 서서히 잊혀 갔다. 한때 명가였던 집안의 생존자 네 사람과 그 식신 네 체는 저마다의 목적을 위해 전설의 나무를 찾고 있었다. 그 나무의 힘을 쓰면 지금껏 없던 주력을 손에 넣어, 꿈이 무엇이든 이루어진다. 전설의 나무를 찾아 그들은 어느 섬에 내려섰다. 섬에는 식신 한 체가 있었다. 그는 섬을 관리하고 있다고 한다. 내일은 이 섬을 안내해 준다고 한다. ……다음 날 아침, 음양사 한 명이 죽고, 식신 한 체가 사라져 있었다. 남겨진 세 사람과 세 체는 섬의 식신에게서 제안을 받는다. 범인을 맞힌 자들을 나무로 안내하겠다, 고. 음양사로서, 식신으로서, 당신의 소원을 이루십시오.

철이 들 무렵부터, ‘나라는 존재’에 대해 어딘가 위화감이 있었다. 친구들도 많고, 매일 즐겁게 지내고 있는… 터인데, 느껴지는 이 작은 위화감은 뭘까, 줄곧 그렇게 느껴 왔다. …잘 말할 수는 없지만… 가끔 내가 있을 곳은 여기가 아니라고 느껴 버리는 것 같은. 어느 날 꾼 꿈. 나는 커다란 저택의 복도를 정신없이 달리고 있었고… 마지막에는 누군가에게 습격당해 죽고 마는 꿈이었다. 기분 나쁜 꿈… 하지만 묘하게 현실감을 띠고 있었다. 모든 것을 떠올린 건 아니지만… 이것만은 확신했다. ―나는, 전생에서… 누군가에게 살해당했다.―

이곳은 어느 남쪽 섬에 지어진 별장. 무역회사 사장인 히가이의 낙은 여름휴가를 이 별장에서 보내는 것이었다. 히가이는 사용인으로 5명의 마법사를 고용했다. 단, 고용된 그들은 ‘하루에 두 번밖에 마법을 쓸 수 없는’ 것이었다. 초일류 마법사를 한 명 고용하는 것보다 이류 마법사를 다섯 명 고용하는 편이 훨씬 싸게 먹히는 것이다. 아침, 사용인이 히가이를 깨우러 갔지만 일어나지 않았다. 수상히 여긴 사용인이 방에 들어가자, 히가이가 죽어 있었다! 마법 경찰의 취조는 과격해서 화형 고문도 마다하지 않는다고 한다. 경찰이 도착하기 전에 범인을 밝혀내 넘겨 두고 싶다. 현장은 밀실이지만, 마법을 쓰면 밀실 따위 간단히 만들 수 있을 것이다. 단, 앞서 말했듯 그들은 하루에 두 번밖에 마법을 쓸 수 없다. ―마법을 구사해 풀어내라.

마도구로 마법을 다루며 살아가는 네 나라의 사람들. 각자의 특색을 지닌 나라들이지만 다투는 일 없는 평화로운 세계. 그 세계에는 인간과 관여하려 하지 않는 이질적인 존재가 있었다. ‘드래곤’ 이 세계에서 그 존재를 모르는 자는 없다. 단 한 마리 존재하는 하늘의 지배자. 그리고 드래곤의 등에 타고 함께 여행하는 여성. ‘페이트’ 각 나라는 드래곤과 페이트를 【기피하고】【관심을 갖고】【숭배하고】【대등해지려 했다】 그런 인간들에게 아랑곳하지 않고 오늘도 자유롭게 하늘을 날아다닌다. 드래곤과 페이트가 인간과 관여하는 것은 5년에 한 번. 세계를 지키기 위해 각국에서 선발된 용사를 등에 태우고, 세계의 끝에 있는 드래곤의 거처로 데려갈 때뿐. 그리고 올해는 그 관례가 행해지는 해다. 각 나라에서 선발된 네 명의 용사는 페이트와 함께 세계의 끝을 향해 드래곤을 타고 하늘을 난다.

666년 전 〈대전〉의 전장 터에 세워진 마법학교. 너희 여섯 명은 폐쇄된 구교사의 옛 홀에서 눈을 떴다. 이 방에서 밖으로 나갈 수 없다. 아무래도 〈결계〉에 갇혀 버린 모양이다. 왜 여기 있는지, 이 〈결계〉가 무엇인지, 아무도 기억하지 못한다. 여기서 탈출할 열쇠는 너희의 잃어버린 기억에 있다. 너희는 기억을 되찾기 위해 서로 이야기를 나누기로 했다.

이곳은 인간이 존재한 적 없는, 동물들만이 살아가는 세계 ‘에트리아’. 북쪽의 대국 ‘노르딘 왕국’은 여왕님의 ‘기도’로 지탱되어, 다툼도 차별도 속고 속이는 일도 없는 평화로운 나라가 이어지고 있었다. 그러나 온 나라가 떠들썩한 건국제 도중에 그 비극은 일어났다… “여왕님을 죽인 건 누구지?”

『――아득한 하늘, 구름 위에는 떠 있는 섬이 있고, ‘천공인’이라 불리는 날개 달린 사람들이 지상과는 다른 문명을 이루며 살고 있다』 이 세계에는 오래전부터 이런 옛이야기가 전해 내려오고 있다. 그 전설을 누구보다 굳게 믿은 남자가 있었다. 천재 비행 기술자 레아――그는 직접 설계한 비행선을 타고 아득한 하늘로 떠났다. 배의 이름은 『노아즈 아크호』. 먼 옛날 대홍수에서 인류를 구한 신화 속 방주의 이름을 빌려 ‘인류를 다시 하늘로 이끌 배’라는 소망을 담은 것이었다. ……그러나 그는 그 길로 두 번 다시 돌아오지 않았다. 그로부터 5년이 흐르고, 모두가 레아라는 이름을 잊어 갈 무렵. 비행선 한 척이 지상에서 날아올랐다. 배에 탄 것은 레아의 아들이자 하늘섬을 꿈꾸는 소년 페구. 무모한 페구를 때로는 꾸짖고 때로는 다정하게 지탱해 주는 소꿉친구 소녀 에미. 그리고 두 사람의 보호자 역할을 맡은, 레아의 오랜 친구이자 기계 기술자 단초. 세 사람은 레아가 살아 있는지, 그리고 하늘섬이 정말 있는지 직접 확인하기 위해 새 비행선 『레아즈 아크호』를 완성하고 아득한 하늘로 여행을 떠났다. 그리고 사납게 몰아치는 폭풍의 벽을 넘어, 마침내 하늘에 떠 있는 섬에 닿았다. 하늘섬은 정말로 있었던 것이다! 하지만 기쁨도 잠시, 착륙 충격으로 비행선이 크게 부서져 돌아갈 수단을 완전히 잃고 말았다. 그렇게 세 사람은 비행선 수리가 끝날 때까지 하늘섬의 마을 『스카이란트』에서 지내게 되었다. 옛이야기 그대로, 스카이란트 주민들은 등에 저마다 아름다운 빛깔의 날개를 달고 자유롭게 하늘을 나는 종족이었다. 족장 코도루는 마음씨 따뜻한 인물로, 세 사람에게 머물 곳을 내주었다. 그의 딸 플라미는 페구, 에미와 나이도 비슷해 금세 친구가 되었다. 기계 기술자 오하시와 대장장이 하시비로는 비행선 수리를 도와주고 있다. 하지만 지상인을 달갑게 여기지 않는 이도 있었다. 족장을 보좌하는 점술가 피토후이가 그중 한 사람이다. ――그렇게 스카이란트에서의 평온하고 즐거운 나날은 눈 깜짝할 사이에 지나갔고, 마침내 비행선 수리가 끝났다. 출발 전날 밤, 세 사람의 앞날을 축복하는 성대한 연회가 밤새 열렸다. 그런데 그 연회 도중 사건이 일어났다. 족장 코도루가 누군가에게 살해당한 것이다. 족장 살해 용의자로 붙잡힌 것은 연회 도중 혼자 움직인 시간이 있었던 일곱 명. 이 섬에는 사건이 일어나면 용의자끼리 의논해 범인을 정한다는 규율이 있다. 살인은 이 섬 최대의 금기이며, 범인으로 지목되면 변명의 여지 없이 ‘처형’된다. 이렇게 날개를 가진 자들과 날개를 갖지 못한 자들의, 목숨을 건 범인 찾기가 시작되었다.

“세상에서 가장 아름다운 것? 아아, 그건——그때 보았던 인어다.” 인어를 숨겨 두고 있다는 기묘한 소문이 한 저택을 둘러싸고 퍼지고 있었다. 진위도 확실치 않은 그 속삭임에 이끌려, 저택에 두 명의 손님이 찾아온다. 그리고 어떤 사건이 일어나는 것이었다.

－혁명의 끝에 있는 미래를 붙잡아라.－ 이 나라에 혁명의 폭풍이 휘몰아쳤다. 기근과 궁핍, 그리고 혼란을 틈탄 동서 양국의 음모까지 얽혀 복잡하고 곤란한 상황이었다. 그러나 그런 어려운 상황을 극복하는 자, 알렉시아 B. 칼디와 당신들은 함께 싸웠다. 수많은 고난을 넘어, 마침내 왕의 군세를 쓰러뜨리고 임시정부를 수립했다. 당신들의 혁명은 성공한 것처럼 보였다. 그날로부터 정확히 1년. 내일, 혁명 1주년을 기념하는 식전을 거행할 예정이다. 오늘 밤, 당신들은 그 축하연으로 파티를 열었다…….