‘마나’를 먹음으로써 먹이사슬에서 벗어나 문명을 쌓아 올린 옛 육식동물과 옛 초식동물들. 그러나 종족 간의 갈등은 남아 있어, 서로를 구별하며 살아가고 있었다. 극동의 섬나라 수도에 있는 ‘수도 고교 케모노 도쿄’는 옛 육식동물만 다니는 학교. 그곳에 입학한 최초의 옛 초식동물―― 수컷 염소 류트는 두 종족 간 융화의 상징이었다. 그러나 어느 날 아침, 류트는 교실에서 시체로 발견된다. 용의자는 넷―― 암컷 늑대 아냐, 수컷 호랑이 개러스, 수컷 표범 훔볼트, 암컷 양 메이. 과연 누가 류트를 죽였을까?

도대회 우승, 간토대회 준우승, 전국대회 베스트 16의 기록을 가진 강호교, 효테이 학원 테니스부. 오늘은 정기시험 전이라 정규 레귤러와 매니저 5명만이 강화 훈련을 하고 있었다. 평소와 다름없는 훈련이었을 터였지만, 한 가지 큰 차이가 있었다. 저녁 무렵, 트레이닝룸에서 매니저장 유즈가 머리를 맞은 상태로 발견된 것이다. 맥박은 이미 없다. 아무래도 흉기는 덤벨인 것 같다. 정규 레귤러들은 훈련 중 대부분의 시간을 운동장에 있었기 때문에, 만약 내부의 범행이라면 부실을 자주 드나들던 매니저진의 범행일 가능성이 높다. 동기도 있다. 다섯 명은 아토베 님의 암고양이들로, 평소 아토베 님과 접촉할 기회를 서로 빼앗으며 으르렁대고 있다. 이 사실은 효테이 학원 학생이라면 누구나 알고 있었다. “말해도 좋다.” 사카키 감독이 그렇게 지시하자, 매니저진은 경찰이 올 때까지 스스로 오늘의 일정을 되짚어 보기로 했다…….

……카가미 앨리스는 완벽한 사람이었다. 카가미 앨리스는 문무를 겸비했고, 단정한 용모와 천진난만한 성격 덕분에 다른 학생들에게도 인기가 높아 학원의 얼굴이라고까지 불리는 인물이었다. 학원의 모두가 카가미 앨리스를 사랑했다. 그리고……카가미 앨리스는 죽었다. 그녀는 학원 안 계단참에 피어난 핏물 위에서 조용히 움직이지 않게 되어 있었다.

카이후 고등학교 연극부 6명은 여름방학에 산속 펜션에서 합숙을 하고 있었다. 방학이 끝나면 있을 공연을 준비하기 위해서다. 오늘은 합숙 이틀째, 공교롭게도 폭우가 쏟아져 밖에도 나갈 수 없을 것 같다. 빗소리가 펜션 안에 울려 퍼진다. ……뭔가 일어날 것 같은 상황이네, 라고 누군가 웃으며 말했다.

무대는 중세 유럽과 매우 닮은 세계에 있는 왕립 연금술 대학. 이 세계에서는 연금술로 만들어진 영약이 다양한 기적을 일으킨다. 예를 들어 동물과 대화를 하거나, 초월적인 능력을 얻거나, 식물을 급격히 성장시키기도 한다. 이 대학에 다니는 학생들은 날마다 연구하며 아직 보지 못한 영약을 만들어 내려 하고 있다. 연금술사들은 두 파벌로 나뉘어 있다. 귀족들을 중심으로 한 흰색 연금술사 동맹과 학자들을 중심으로 한 검은색 연금술사 동맹. 흰색과 검은색, 두 파벌은 서로 권력 다툼을 계속하고 있었다. 왕립 연금술 대학의 학생들도 예외가 아니어서, 언젠가는 흰색이나 검은색 중 하나를 선택하게 된다. 물론 예외도 있지만… 대학의 요청을 받아 ‘학생회장’, ‘서기’, ‘부회장’은 영약의 재료를 받으러 ‘바다의 연금술사’의 저택을 방문하게 되었다. 학생회장 일행이 ‘바다의 연금술사’의 저택에 도착한 것은 낮 무렵이었다. 그날은 ‘어부’, ‘해적’, ‘상인’, ‘여행자’ 네 명도 저택을 방문해 있었다. 학생회장 일행은 ‘바다의 연금술사’ 일행에게 환영받으며 식사를 대접받았고, 그 뒤 목적한 재료가 있는 자료 창고로 가게 되었다. 자료 창고에는 작은 배로 가는 편이 빠르다고 해서, 몇 명은 작은 배로, 또 몇 명은 걸어서 향하게 되었다. 모두 자료 창고에 도착했지만 어째서인지 ‘바다의 연금술사’의 모습이 보이지 않는다. 주변을 찾고 있자니 2층에서 ‘여행자’의 비명이 들려왔다. 2층 서재에서 ‘바다의 연금술사’가 엎드린 채 죽어 있었다. 이 괴로워 보이는 모습은 독살에 의한 것이 틀림없다. 자료 창고로 ‘바다의 연금술사’가 향했다는 사실을 알고 있던 것은 이곳에 있던 7명뿐. 아마 이 7명 중에 범인이 있다. ‘바다의 연금술사’를 살해한 범인을 찾아내라.

이곳은 히무카이 여자학원. 세간에서는 규칙이 엄격하기로 유명한 학원이다. 그러던 어느 날, 교사 뒤편 창고에서 담배꽁초가 발견되었다. 규칙이 엄격한 이 학원에서 담배가 발견되기라도 하면 정학 정도로는 끝나지 않을 것이다. 그날 창고에 간 사람은 3명. 학생회장 ‘신교지 이치카’ 도서위원 ‘오토나시 다카코’ 문제아 ‘아라데라 구레하’ 대체 누가 범인일까…

――강령술, 알고 있나요? 오가미 고등학교에는 ‘오마가 강령 클럽’이라는 소문의 동아리가 있다. 그 자칭 동아리는 강령술을 행해 고민 상담의 해결을 시도한다고 한다. 이 수상한 동아리에 참가하기 위해, 두 사람은 해 질 녘(오마가토키)의 도서실에 모여 있었다.

때는 1959년. 당신은 게이요 여학원 고등부 2학년생. 동굴 탐험에 나선 여섯 명의 여학생은 인간이 아닌 존재에게 돌아갈 길을 막히고 어둠 속을 헤매게 되는데…… 두 시간 뒤, 한 명이 시체로 발견된다. 누가 그녀를 죽였는가. 어떻게 하면 살아서 돌아갈 수 있는가. 원탁에 둘러앉아 머리를 맞대게 되었다.

―――부디 이 학원(요람) 안에서 소년소녀(그들)가 행복한 꿈을 그릴 수 있기를 ‘학원’이라는 곳에는 ‘불가사의’가 따라붙기 마련이다. 그럴싸하게 떠도는 소문에 사람들은 이름을 붙이고 싶어 한다. 그것은 이곳, 마츠리바 학원도 예외가 아니어서…… 과거의 불상사로 10년 넘게 중단되었다는 학원 7대 불가사의 ‘저주받은 학원제’가 올해 갑자기 개최되기로 결정되어, 학생회 멤버 6명은 바쁘게 준비에 몰두하고 있었다. 그런데 개최를 하루 앞둔 날, 학생회 모두가 준비해 장식해 두었던 ‘마츠리바 학원 학원제’ 간판이 처참한 모습으로 발견되었다. 교실 칠판에는 “이 학원제는 저주받았다 목숨이 아깝거든 그만둬라 학원의 유령” 이라는 거친 붉은 글씨. 결국 누군가의 장난인가, 아니면 정말로 ‘저주받은’ 것인가? 동요하며 회의를 시작하는 선생님들과 불안해하는 학생들 앞에서, 학생회 멤버들은 학원제를 무사히 개최하기 위해 사건의 진상을 규명하기로 했다. 각자의 갈등과 사건에 대한 약간의 위화감을 품은 채, 너희는 진실을 찾아내야만 한다.

8월의 무더운 여름날. 학생회실에 모인 사이좋은 남자 고등학생 4인조. 아카오 유타, 고시미즈 나기사, 사쿠마 미도리, 니시카와 시온. 늘 학생회실에 모이는 사이좋은 4명이지만, 오늘만큼은 같은 목적이 있었다. 얼마 전 찾아낸 그라비아 잡지를 다 같이 보자고 약속했던 것이다. 사춘기가 한창인 남자 고등학생. 두근두근 기대에 가슴이 부푼다. 곧장 그라비아 잡지를 꺼내려 하는데・・・ 어라?! 없어?!?!! 대체 누가 가져간 거지・・・? 잡지의 존재를 아는 건, 이 자리에 있는 4명뿐.