영원히 잘 자, 적어도 좋은 꿈속에서. 사춘기 소년 소녀들 사이에서 어느 날 갑자기 성별이 바뀌어 버리는 ‘번데기 증후군’이라는 병이 확인되기 시작했다. 그 병이 발병한 소년 소녀들은 ‘너서리 라임 요양소’로 전학하게 된다. 이 ‘너서리 라임 요양소’의 남학교에, 여름방학을 앞둔 어느 날 한 명의 전학생이 찾아왔다. 그러나 얼마 지나지 않아 그 전학생이 계단에서 굴러떨어져 머리에서 피를 흘리고 있는 모습이 발견되고――

이곳은 한정된 사람만 입학할 수 있는 학교, 브레인 고등학교. 그중에서도 특히 우수한 학생들만 모인 곳, 그것이 A반이다. 브레인 고등학교 안에서도 특히 엄격한 이 반을 졸업하면, 그 후 무엇이든 자유롭게 할 수 있을 만큼 장래가 보장된다고 한다. 물론 A반에는 한정된 인원만 들어갈 수 있어, A반 학생은 단 5명뿐이다. 스포츠의 천재, 축구부. 문학의 천재, 축구부 매니저. 수학의 천재, 미술부. 선도의 천재, 학생회장. 그리고 모든 것이 완벽한 문무양도의 천재, 귀가부. 저마다 천부적인 재능을 지녔으며, 브레인 고등학교의 모든 학생이 동경하는 인물들이다. 그런 A반 학생들이 여느 때처럼 혹독한 수업을 받고, 여느 때처럼 학교생활을 보내던 어느 날 방과 후, 사건이 일어났다. 교실에서 담임이 죽어 있는 것이다. 대체 누가...? 긴장감이 감도는 가운데, 천재 다섯 명의 추리가 지금 시작된다——

“당신을 좋아해요.” 학생회실에 남겨진 조각조각 찢어진 러브레터. 누가 쓴 걸까? 누가, 왜 찢은 걸까? 이 러브레터를 어떻게 하지? 방과 후의 교정에 쇼팽의 ‘이별의 왈츠’가 울려 퍼지는 가운데, 5명의 여학생이 저마다의 연심을 숨긴 채 러브레터의 처분을 이야기하기 시작한다――

1996년 10월. 도쿄 근교에 위치한 사립 에이카 고등학교는 명문 진학교를 지향하는 신설 학교다. 입시 난이도는 보통이고 진학교라 부르기엔 아직 실적도 거의 없는 것이나 마찬가지지만, 설비 투자를 아끼지 않을 것이라는 기대 속에 우수한 학생들이 모이기 시작해, 현재는 한 학년에 약 120명, 4개 반이 되었다. 성적순으로 반 번호가 작아지는 반 편성 방식으로 경쟁심을 강하게 부추기며, 우수한 학생에게는 수업료 면제도 주어지는 ‘실력주의’ 학교다. 현재 에이카 고등학교에서는 어떤 괴담이 떠돌고 있었다. ‘예전에 에이카 고등학교에서 한 여학생이 괴롭힘을 견디지 못해 자살했다. 그 여학생은 무척 아름다운 얼굴이었지만, 발견이 늦어지는 바람에 들새들에게 쪼여 본인인지 알아볼 수 없을 만큼 참혹한 모습으로 발견되었다. 그 뒤로 해 질 무렵이면 새 울음소리와 함께 그 여학생의 혼령이 교내 어딘가에 나타나게 되었다’는 것이다. 최근의 오컬트 붐까지 겹쳐서인지 많은 학생들이 교칙을 무시하고 교내에서 담력 시험을 감행하게 되었고, 교직원과 학생회 임원들까지 그 대응에 쫓기는 지경이 되었다. 1996년 10월 18일, 하교 시간이 지난 교내에서 2학년 1반에 재적 중인 여학생 ‘구자쿠 미도리’가 바깥 계단에 쓰러져 있는 채로 발견되었고, 마찬가지로 교내에 남아 있던 너희들은 그녀가 옮겨진 보건실 앞에 모이게 되었다.

일본 수도 근교에 있는 사립 미쓰키 학원은 ‘초’가 세 개는 붙을 만큼 거대한 매머드 학교다. 스포츠과나 연예인 등이 다니는 통신제 등 다양한 학과가 있어서, 3년 동안 한 번도 얼굴을 마주치거나 말을 나누지 않고 졸업하는 동급생도 적지 않다. 때는 10월 30·31일. 세상이 핼러윈으로 들뜬 날, 사립 미쓰키 학원에서는 44번째 학원제가 열리고 있었다. 사립 미쓰키 학원의 학원제는 매년 이틀간 열린다. 첫째 날에는 취주악부와 과학부를 비롯한 문화계 동아리의 발표, 축구부와 야구부를 비롯한 운동계 동아리의 모의 상점이 열린다. 둘째 날에는 학급 모의 상점과 학급 발표, 자원자들의 발표 등이 진행된다. 첫째 날 발표도 무사히 끝나고 대부분의 학생이 집이나 기숙사로 돌아가는 가운데, 많지는 않지만 적지도 않은 학생들이 둘째 날 준비를 위해 밤을 새워 학급 모의 상점 완성을 향해 작업하고 있었다. 많은 학생이 자기 일을 마치고 쪽잠을 자며 내일을 위한 기운을 북돋우고 있을 때, 사건은 일어났다. 이른 새벽, 교실 문 밖에서 여러 개의 신음 소리가 들려왔다. 몇몇 학생이 수상히 여겨 문을 열자…

562번째, 투신. 또, 안 됐다. 이 설명을 하는 것도 몇 번째일까? 다들, 어제 방과 후에 뭘 하고 있었어?

중학교 3학년인 당신들은 소풍으로 등산을 가게 되었습니다. 조는 여섯 명. 같은 반이라고는 해도 당신들은 서로를 잘 모릅니다. 당일, 조원 중 한 여학생이 어째서인지 나타나지 않았습니다. “왜 그 애는 안 온 걸까?” 그런 이야기를 나누며 산을 오르기 시작한 당신들에게는 생각지도 못한 전개가 기다리고 있었습니다…….

고등학생이라면 달콤새콤한 사랑을 하고 싶어! 그런 소원을 품고 있던 주인공 시나노 방과 후 집에 갈 준비를 하고 있는데 책상 안쪽에서 설마 했던 러브레터가! “당신을 좋아합니다. 오늘 저녁 5시 반에, 그곳에서 기다리고 있을게요.” 그곳이 어딘데!? 아니 보낸 사람은 누구!? 그보다 왜 암호까지!? 친구와 협력해 이 수수께끼를 풀고, 내 운명의 여신을 만나러 가자! 남자 셋의 우당탕 스토리.

“──이것은 우리가 하늘에 바치는, 작은 기도의 이야기” 당신들은 세이카 시립 세이카 고등학교에 다니며, ‘시라유리 치사토’가 설립한 동아리 ‘역사연구부’에 소속되어 있다. 11월 말, 전교 조회가 끝나고 여느 때처럼 동아리실로 향하는 일행. 하지만 그 안에 치사토는 없었다. 그들이 다음으로 치사토를 목격한 것은, 동아리실 바닥에 붉은 피의 꽃을 피우고 그 속에서 숨이 끊어진 그녀의 모습이었다. 성격도 좋고 문무를 겸비해 교내에서도 유달리 인기가 많았다. 어째서 그녀가. 남겨진 네 사람은 치사토에게 많은 신세를 졌다. “이 사건, 우리 손으로 범인을 밝혀내고 진상에 다다르고 싶다.” 네 사람은 세상을 떠난 치사토에게 그렇게 다짐한다.

철거되는 폐교. 마지막 동창회 밤에, 선생님이 죽었다. 다음 달 철거되는 모교. 옛 3학년 2반 졸업생들이 15년 만에 모인 마지막 동창회. 한밤중, 폭풍이 교사를 고립시킨다. 정전. 전파도 끊겨 아무도 밖으로 나갈 수 없다. 그때 ── 아무도 없을 터인 교내에 방과 후 종소리가 울렸다. 아무도 없는 교실에서 들려오는 소리. 보건실 쪽에서 들려오는 흐느끼는 소리. 이윽고 보건실에서 당시 담임 고가 요시에가 쓰러져 있었다. 뒤통수를 세게 부딪쳐 숨이 없었다. 경찰도 구급차도 올 수 없다. 이 교사에 있는 것은 당신들 네 사람뿐. …… 정말로 네 사람뿐일까요. 진실을 알고 있는 것은 계속 울리는 종소리와 ── 이 중의 누군가.