한 남학생의 자상 시신이 옥상에서 발견되었다. 급히 휴교가 결정되어 귀가하는 학생들 사이에서, 네 명의 학생이 학생지도실로 호출되었다. 모인 네 사람 앞에 나타난 것은 보건교사 쓰키야마. 심각한 표정의 네 사람에게 쓰키야마는 말한다. “그 녀석이 죽기 전에 나는 상담을 받고 있었어. 그걸 알고서, 나는 너희가 직접 범인을 찾아 줬으면 해.” 지금부터 시작되는 것은, 살해당한 그와, 그리고 자기 자신과 마주하기 위한 대화다.

중학생 미즈키, 다이치, 후마, 나기사는 같은 반의 사이좋은 소꿉친구 4인방. 오늘은 다음 달 수학여행을 어디로 갈지 의논하기 위해 미즈키의 집에 모이기로 했다. 오후 3시 간식 시간, 나기사의 비명이 울려 퍼진다…! 「꺄아! 푸딩이 없어졌어~!」

전원 기숙사제의 초명문 사립학교, 흑백합 학원. 위인 곁에는 흑백합이 핀다, 고도 일컬어지며, 대대로 남편을 통해 나라를 떠받쳐 온 전통 있는 아가씨 학교다. 지금은 시대의 흐름인지 졸업생 자신의 활약도 두드러져, 엄격한 교풍에도 불구하고 여전히 인기가 높다. 그런 흑백합 학원에서 한 사건이 일어난다−−− 방과 후, 학생들에게 존경받는 젊은 교사가 교사(校舍) 계단 아래에 쓰러져 있는 모습이 발견된 것이다. 다행히 생명에는 지장이 없었고, 눈은 뜨지 못했지만 현장 상황으로 보아 경찰은 사고로 처리를 진행했다. 이 이야기는 하룻밤 사이에 학원 전체로 퍼진다. 학생들은 오락에 굶주려 있었던 것이다. 그날 교사에 남아 있던 것은 학내에서 모르는 사람이 없는 유명한 4명−−− “이것은 흑백합 학원 개교 이래 최대의 사건이옵니다. 학원의 명예를 위해서라도 반드시 신속하게 해결해야 해요.” “아니, 사고라니까.” “몹시 마음이 아프오나, 이 중에 범인이 계신다는 뜻이로군요.” “그러니까, 나 선생님이 미끄러지는 거 봤다니까. 구급차 부른 것도 나고.” “언니들을 의심하고 싶지 않아요! 하지만 사건 해결을 위해 협력하겠습니다!” “좀 들어.” 흑백합의 수수께끼 풀이가, 지금 시작된다−−−