깊은 산속에 있는 ‘부초관’이라 불리는 서양식 저택. 심령 스폿으로 알려진 곳이지만, 이런 곳에도 사람이 살고 있다. 별난 사람도 다 있다며 주변 주민들에게서는 괴짜 취급을 받는다고 한다. 어느 날, 그 저택에서 몇몇 사람 앞으로 편지가 도착한다. 그것은 저택에서 열리는 회식의 초대장이었다. 수상히 여기는 사람, 기대하는 사람, 저마다 다양한 생각을 품고 지정된 일시에 저택으로 모여드는 사람들. 집사의 안내를 받은 저택에는 으스스한 분위기가 감돌고 있었다. 인사하러 나타난 당주와의 회식을 마친 사람들은 각자 저택에서 시간을 보내고 있었는데, 갑자기 비명이. 모두가 달려가 보니, 그곳에는 당주의 시신이……! 산길을 차로 몇 시간 달려야 겨우 닿는 이 저택. 초대받은 인물 외에 누군가 이 저택에 와 있다고는 생각하기 어렵다. 혹시 이 안에 살인범이 있는 걸까……?

2154년, 댄 브레스턴이 유해한 우주 방사선으로부터 인체를 보호하는 금속 아스타륨을 발견하고 그 생산을 시작했다. 이를 계기로 우주 개척은 크게 가속되었고, 부유층 일부는 우주로 이주하기 시작했다. 그 후 댄은 우주 호텔 ‘엘리시움’을 건설해 우주여행을 더 많은 사람들에게 널리 퍼뜨렸다. 어느 날, 엘리시움 관내에 무기질적인 인공 음성이 울려 퍼진다. “실내 수영장에서 비상 버튼이 눌렸습니다. 즉시 현장을 확인하십시오.” 모여든 엘리시움 관계자 4명과 숙박객 2명, 총 6명은 그곳에서 두 구의 시체를 발견한다.

세계적인 악인들의 성과를 가리는 [세계 악인 기구]. 오늘의 대상 수상자로 가장 유력한 악인들이 각기 자신의 업적을 자랑하고 있다. 세계 최고의 악인을 수상하는 이번 시상식에서 갑작스레 불이 꺼지며, 무대 위에 마이크를 든 사회자가 나와 개회식을 알렸다. [이번 시상식에선, 무려 세계적으로 칭송받고 있는 히어로 [H]살해에 성공했다던, 최고의 악인이 이 자리에 있습니다!!] 그러나, 누군가 사회자에게 조심스레 다가가 귓속말로 무언가를 속삭이더니, 이내 곧 시상식 무대에 거대한 화면이 비치며 [H]의 모습이 담긴, 영상이 재생되었다. [정말, 고마워! 이번에는 진짜로 죽을 뻔했어. 당신 아니었다면 이번에는 빠져나오기 힘들었을거야. 그럼, 약속 장소에서 보자고!] 누가 죽였는가가 아닌, 누가 살려주었는가! 우리들 중 누군가 [H]의 생존을 도운 자가 있다! 머더 미스터리가 아닌, 세이프! 미스터리! 개봉 박!두!

지금 여러분의 이야기는 이상한 나라를 배경으로 하며, 이상한 나라는 몽환적이고 기묘한 색채가 가득한 동화 속 세계입니다. 그리고 동화와 마찬가지로 이상한 나라는 다른 세계의 소녀가 등장함으로써 변하기 시작했습니다. 여느 때와 다름없는 이른 아침, 이상한 나라의 처형장에서는 소란스러운 소리가 들려왔습니다. 붉은 카드 병정들에 의해 처형대로 끌려가고 있는 앨리스라는 이름의 이세계의 소녀가 처형장에서 받을 형벌은 목이 잘리는 잔혹한 형벌. 앨리스가 처형당하는 이유는 바로, 붉은 장미 여왕을 시해했기 때문입니다.

당신들은 현대 일본에 사는 지극히 평범한 남학생…… 이라는 건 겉모습일 뿐. 사실은 좋아하는 사람을 위해서라면 범죄도 마다하지 않는 ‘얀데레 남자’인 것이다!! 그래도 평소에는 그런 ‘마음의 어둠’을 숨기며 지내면서, 마음에 둔 사람 ‘사쿠라바 나쓰키’를 포함한 6인 그룹으로 사이좋게(?) 지내고 있었다. 여름방학에 계획한 글램핑. 코티지에 도착해 저마다 즐기고 있었는데…… 다음 날 아침, ‘사쿠라바 나쓰키’가 시신으로 발견되었다! 과연 그녀는 누군가의 원한을 사서 살해당한 것일까. 아니면 누군가가 그녀를 너무 사랑한 나머지 죽이고 만 것일까. 용의자는 우리 다섯 명 안에 있다. 누가 죽였다 해도 이상하지 않은 이 상황―― 그런 위험한 남자들의 추악한 다툼이 지금 시작된다!

인적이 드문 산속 깊은 곳에 있는 로봇 연구소. 그곳에서는 박사와 다섯 대의 로봇이 함께 살고 있었다. 하지만 어느 날 밤, 박사가 시체로 발견되었다. 용의자는 남겨진 로봇 다섯 대. 이 안에 박사를 죽인 ‘살인기’가 있다. 다음 날 아침이면 경찰이 들이닥친다. 그때까지 범인을 찾아내 기능을 정지시켜야 한다. 그러지 못한다면, 그래, 전원 모조리 고철이 될 뿐이다…….

2025년, 일본은 악의 조직 ‘고쿠아크’의 위협에 노출되어 있었다. 고쿠아크는 특수 능력을 지닌 괴인을 잇달아 만들어 내 일본 각지로 보내고 있었다. 경찰이 괴인에 맞서고 있었지만, 괴인은 특수 능력을 가진 강화 인간이었다. 통상 무기로는 괴인들을 당해 낼 수 없다. 강도, 살인, 테러 행위… 나날이 악화되는 치안에 일본 전체가 절망에 휩싸여 있었다. 그런 가운데, 한 줄기 희망이 나타난다. 희망의 빛, 저스티스맨의 등장 빨간 타이츠를 몸에 두른 수수께끼의 히어로 ‘저스티스맨’이 갑자기 나타난 것이다! 그는 괴인들을 차례차례 쓰러뜨리며 사람들에게 희망을 가져다주었다. 일본 정부는 곧바로 그 히어로를 지원하기 위해 특수한 기능을 지닌 멤버를 모아 경찰청에 ‘히어로 특무과’를 설립. 어느 날, 괴인 조직 고쿠아크가 저스티스맨의 변신 방법을 해석해 냈다는 소문이 돈다. 본작의 플레이어 캐릭터인 히어로 특무과 직원 4명과 저스티스맨은 저스티스맨의 변신 방법을 연구하고 있다는 무인도의 연구소로 자료를 파기하러 향했던 것이었다…

호쿠오 철도의 야행 침대특급 〈여명(黎明)〉. 북쪽 항구 마을 시카오이를 22시에 출발해, 다음 날 아침 5시에 도쿄에 도착합니다. 30년을 달려온 이 열차는, 오늘 밤이 마지막입니다. 개실 침대차 한 량을 전세 낸 사람은 토키타 겐노스케, 72세. 〈여명〉의 차량 설계를 이끈 기사입니다. 초대받은 사람은 일곱 명. 딸, 옛 동료, 유족, 전 기관사, 기자, 경영자, 그리고 현역 차장. 전원이 이 열차와, 30년 전 어느 밤에 어딘가로 이어져 있습니다. 토키타는 승차할 때 이렇게 말했습니다. 「종착 전에, 차내 방송으로 하고 싶은 이야기가 있다. 30년간 입을 다물어온 일이다」 중간 정차는 1시 58분의 신카이바라뿐. 3분 정차 동안 아무도 내리지 않고, 아무도 타지 않았습니다. ——그리고 2시 45분. 3호 개실에서, 토키타는 침대에 누운 채 차갑게 식어 있었습니다. 목에는 짐 선반에서 내려진 가죽 트렁크의, 벨트 자국. 밖으로 나가는 문은 모두 닫힘. 열차는 아직 달리고 있습니다. 종착까지, 앞으로 두 시간 십오 분.

전 세계의 수많은 사건을 비밀리에 해결하는 국제수사팀 DION은 형사 다니엘을 비롯한 엘리트 4명으로 구성된 팀이다. 당신은 지령을 받고 한국의 유명 관광열차 <다이애나 트와일라잇>에 탑승한다. 열차가 연기를 내뿜으며 목적지로 향해 달리던 중, 열차 내부에 화재경보음이 울려 퍼진다. 혼돈과 비명 속, VIP 객실에서 싸늘한 시체 한 구가 발견된다. 유력한 살인 용의자는 다섯 명. 도중에 내릴 수도, 열차를 세울 수도 없다. 타오르는 불길과 자욱한 연기 속에 웅크린 열차의 오랜 비밀과 살인 사건의 미스터리를 모두 해결해라!