현대 일본, 전원 풍경이 펼쳐진 작은 마을이 이 이야기의 무대다. 10년 만에 재회한 동창생들은 고등학교 졸업을 기념해 묻었던 타임캡슐을 파내려고 언덕에 모이지만, 그곳에서 어떤 사실이 드러난다. 애매한 기억을 더듬으면서, 자신의 비밀을 지키면서, 그 뚜껑을 연 너머에서 기다리고 있는 진실이란…

과거 옛 영주의 저택에서 일어난 의적단의 습격 사건, EW(이스트 월) 사건. 수많은 피해를 내고 옛 영주도 목숨을 잃은 그 사건으로부터 5년 뒤, 새로이 어느 【보석상】 부부가 저택을 재건하고 그곳에 살기 시작했다. 그러던 어느 날, 저택에서는 손님을 초대한 만찬회가 열렸다. 언뜻 보기에는 평온했던 만찬회였지만, 다음 날 아침 발견된 것은 새까맣게 더럽혀진 【보석상】의 유해였다―.

밀물이 차오를 때, 거짓은 수면 위로 떠오른다. 폭풍우 치는 밤, 외딴섬의 옛 해양관측소에 모인 다섯 사람. 초대한 해양사학자는 15년 전 해난 사고의 진상을 자정에 공표하겠다고 선언한다. 그러나 23시 58분, 그는 조위계실에서 숨져 있었다. 23시 50분에 본인의 목소리가 관내 방송으로 흘러나온 참이었는데. 시각은 거짓말을 한다. 소리만이 과거를 기록하고 있다.

‘반드시 성공해야만 하는 작전이 있네.’ ‘이를 위해 자네를 포함한 다섯 사람을 불렀어.’ ‘이들과 함께 독립을 꿈꾸지 않겠나?’ 8월 5일, 지정된 시간에 맞춰 유한호텔 801호로 오도록. 얼굴조차 알려지지 않은 상해 13호 기지의 총책 ‘손박사’. 그가 미상未詳의 독립운동을 펼치려 한다. 관련된 이야기를 듣기 위해 ‘베로니카’를 포함한 독립운동가 5인이 움직이고…. 마지막으로 도착한 베로니카를 맞이한 것은 801호에 모인 4인의 독립운동가와 손박사의 시체였다. 일본군의 침입인가? 혹은 작전을 막고자 하는 우리 중 누군가의 살인인가?

10년 전 비밀기지에서 발견된 친구의 시체, 사건은 폭발로 인해 미해결로 남아 있었다… 시대는 근미래, 과학기술은 발전해 타임머신 개발에 성공했다. 살해당한 친구를 구하기 위해, 우리는 과거로 돌아가기로 결심했다. 그러나 우리의 계획은 어긋나게 된다…

귀족의 영화를 상징하는 ‘장미화 저택’――가문의 문장인 장미를 새긴 스테인드글라스로 아침 햇살이 비쳐 들어, 만화경 같은 색채가 대리석 바닥에 무늬를 그려 낸다. 주인 엘리엇 경을 모시는 다섯 명의 메이드는 저마다의 역할을 다하면서도 마음 깊은 곳에 숨겨 둔 과거를 안고 있었다. 정원의 장미가 의미심장하게 흔들리는 가운데, 저녁 식사 후의 비극이 조용히 그때를 기다리고 있다――.

이곳은 한정된 사람만 입학할 수 있는 학교, 브레인 고등학교. 그중에서도 특히 우수한 학생들만 모인 곳, 그것이 A반이다. 브레인 고등학교 안에서도 특히 엄격한 이 반을 졸업하면, 그 후 무엇이든 자유롭게 할 수 있을 만큼 장래가 보장된다고 한다. 물론 A반에는 한정된 인원만 들어갈 수 있어, A반 학생은 단 5명뿐이다. 스포츠의 천재, 축구부. 문학의 천재, 축구부 매니저. 수학의 천재, 미술부. 선도의 천재, 학생회장. 그리고 모든 것이 완벽한 문무양도의 천재, 귀가부. 저마다 천부적인 재능을 지녔으며, 브레인 고등학교의 모든 학생이 동경하는 인물들이다. 그런 A반 학생들이 여느 때처럼 혹독한 수업을 받고, 여느 때처럼 학교생활을 보내던 어느 날 방과 후, 사건이 일어났다. 교실에서 담임이 죽어 있는 것이다. 대체 누가...? 긴장감이 감도는 가운데, 천재 다섯 명의 추리가 지금 시작된다——

때는 다이쇼. 산속 별장에서 대재벌 당주의 딸이 살해되었다. 용의자는 딸의 종자와 약혼자, 절친한 친구, 그리고 두 명의 사촌. 암약하는 욕망 속에서, 과연 그들의 앞날은.

——‘변이병’ 그것은 이곳 루루에시에서 갑자기 유행하기 시작한 수수께끼의 병. 감염자는 육체가 이형의 모습으로 변이해, 타인을 습격하는 괴물이 되고 만다. 그런 죽음의 병은 순식간에 시내 전역으로 퍼져, 한때는 시민의 절반이 감염되었다고도 한다. 그러던 어느 날, 당신들에게 수수께끼의 편지가 도착한다. “○○님께 곧 시내에서 이웃 마을로 탈출하는 마지막 버스가 옵니다. 승차하실 분은 아래 주소로 와 주십시오. 여러분을 만날 날을 진심으로 기다리고 있겠습니다.” 수신인도 발신인의 이름도 없는 섬뜩한 편지였지만, 당신들에게는 이웃 마을에 거는 특별한 마음이 있었다. 모두 수상함을 느끼면서도, 마지막 버스로 향하는 것이었다…….

동경하던 빛은, 어느새 나를 태우고 있었다. 마음을 태우는 머더 미스터리. 아스트랄 글리터——필리라 불리는 선수가 자신의 신체 능력과 그래비티 기어를 무기로, 오로지 속도를 겨루는 경기. 그 젊은 소녀들의 모습에 사람들은 열광했고, 레이스를 통해 탄생하는 드라마에 푹 빠졌다. 그중에서도 큰 주목을 받는 것이, 17세에 데뷔한 필리들이 18세가 되는 해에 세대 최강의 자리를 걸고 도전하는 세 개의 대형 레이스——‘레갈리아 로드’다. 그 모두를 제패한 자에게 주어지는 칭호는 삼관 필리. 오랜 아스트랄 글리터의 역사를 돌아보아도, 그 위업을 이룬 자는 불과 몇 명뿐이다. 그렇기에 레갈리아 로드는 매년 큰 열기를 띤다. 하지만 최근 2년의 열광은 이전과는 전혀 달랐다. 작년, 주위를 짓밟듯 압도적인 강함을 보여 주며 왕자 올리가가 삼관을 제패했다. 그리고 올해, 새로운 삼관 필리가 탄생했다. 그 이름은, 제시카. 역사상으로도 드문 삼관 필리가 2년 연속으로 탄생한다. 그 기적에 사람들은 들끓었다. 그리고 맞이한 큰 무대, 코즈믹 컵. 작년의 삼관 필리, 황금의 폭군 올리가. 올해의 삼관 필리, 신세대의 여왕 제시카. 마침내 두 삼관 필리가 같은 레이스에서 격돌한다. 폭군인가. 여왕인가. 최강의 자리를 건 꿈의 대결에 모두가 가슴 설레고 있었다. 그 다음 날, 신세대의 여왕 제시카가 비참한 죽음을 맞이하리라는 것은 아직 아무도 알지 못한 채, 아스트랄 글리터의 역사에 남을 하루가 시작된다. 사람들은 그 전설적인 레이스에 열광했다.