새해의 설렘을 가득 실은 채 동해를 향해 달리던 야간 기차. 그러나 오후 10시, 선로를 덮친 전봇대와 충돌하는 순간 모든 것이 뒤틀렸다. 일대는 순식간에 칠흑 같은 어둠에 잠겼고, 그 어둠을 찢듯 날카로운 비명이 터져 나왔다. “사람이… 사람이 죽었어요!” 자판기 아래, 목이 기괴한 각도로 꺾인 채 숨이 끊어진 한 남자. 휴가 중이던 형사 류민석은 시신을 훑어본 순간 직감한다. 이것은 단순한 사고가 아니라—누군가 치밀하게 설계한 살인이라는 것을. “이건 사고가 아닙니다. 살인자는 아직, 이 안에 있어요.” 외부와 완전히 단절된 어둠 속 기차라는 밀실. 각자의 비밀을 품은 다섯 명의 남녀는 3호실에 모여 서로를 의심하며 진실을 좇기 시작한다. 새해를 향해 달리던 이 기차는 과연, 어둠을 가르고 빛으로 나아갈 수 있을까?

서기 1996년 2월 14일. 세계 최초의 클론 돼지가 독일에서 태어났다. 7마리의 탄생, 그리고 죽음으로부터 57년 뒤인 서기 2053년. 생명과학은 눈부신 발전을 거듭했고, 돼지에서 시작된 생명은 이제 인간형 생명체 《휴머노이아》에까지 도달했다. 《생명》의 창조가 허락된 세계에서. 도쿄 휴머노이아 연구기관 시모즈 연구소 아리아케 지부 생명육성부 제1과가 담당하는 신형 휴머노이아의 출하 시기가 다가오고 있었다…….

어느 나라의 뒷무대에서, 전국에 뿌리를 내리고 그 영향력을 행사하기 위해 합법과 비합법의 수단을 가리지 않는 마피아들. 이야기는 나자레 패밀리라는 마피아 조직의 간부들이 모이는 정례 회합에서 시작됩니다. 뒷세계의 정보를 교환하는 중요한 자리였지만, 회합 첫날부터 파벌 간의 대립이 터졌습니다. 논의를 이어가기 어려워지자, 나머지는 다음 날로 미뤄졌습니다. 그런데 한밤중, 사태가 급변합니다. 나자레의 보스 예수가 자기 방에서 숨진 채 발견된 것입니다. 첫 발견자인 나자레의 상담역 가브리엘은 즉시 간부들을 불러 모았습니다. 조직 안에 혼란이 퍼지기 전에, 진상을 밝혀낼 수 있을까요?

――봄의 마녀가 죽었다. 마녀라 불리는 소녀가 있었다. 마녀는 사람들에게 사랑받고, 요구되고, 두려움의 대상이기도 했다. 그녀들은 제자에게 애정을 쏟아 소중히 키웠다. 그리고 봄의 마녀가 주관하는 의식에서, 제자들은 마녀로 다시 태어난다. 그토록 중요한 의식이 열리던 날, 봄의 마녀는 가슴에 새빨간 꽃을 피운 채 숨져 있었다. 이것은 자신을 다 바쳐 시들어 버린 소녀의 이야기.

1년 전, 로버트 킬링스워스는 농장을 샀다. 그리고 6개월 뒤, 그는 죽었다. 남겨진 아내 엘리자베스는 캘리포니아 와인 산지 외곽에 막 문을 연 와이너리와 포도밭을 홀로 떠맡게 되었다. 불어나는 빚에 사업을 어떻게 꾸려야 할지도 모르는 엘리자베스는 농장을 팔아 손실을 메우려 필사적이다. 그러나 극심한 가뭄과 흔들리는 경기 탓에 킬링스워스 농장은 너무 오랫동안 매물로 남아 있었다. 초가을의 어느 날, 여섯 사람이 엘리자베스를 만나러 킬링스워스 농장의 문을 지나갔다. 그리고 그중 한 명은 냉혹한 살인자였다… 이들 중 누가 죽여서라도 지켜야 할 비밀을 품고 있는가? 너무 늦기 전에 킬링스워스 농장으로 와서 밝혀내라!

늦은 밤, 컴퓨터에서 알림음이 울렸다. 무심코 컴퓨터를 끄려고 돌아섰는데, 평소 자주 보던 포럼에 새 글이 올라온 것을 발견했다. 나도 모르게 오랫동안 업데이트되지 않았던 포럼을 열어보니, 오늘은 유난히 활발했다. 달력을 보니, 벌써 10년이 지났군. 그 미해결 시신 훼손 사건이 10년째 이어지고 있었다. 그녀는 사후 세계에서 잘 지내고 있을까? 이렇게 오랜 세월이 흘렀지만, 세상은 그녀를 잊지 않았던 모양이다…

2231년, 인류는 육체의 상당 부분을 기계로 대체할 수 있게 되었다. 팔을 잃으면 의수를, 심장을 잃으면 인공 장기를, 뇌의 일부를 잃으면 신경 칩을 이식한다. 그렇다면 몸의 모든 부위를 하나씩 교체한 뒤에도, 우리는 그 사람을 여전히 같은 사람이라고 부를 수 있을까? 이틀 전, 세계적인 인공지능 연구자 아담 레이너가 자신의 연구실에서 숨진 채 발견된다. 경찰은 즉시 수사에 착수하지만, 다음 날 한 의체가 경찰서를 찾아와 자신이 아담 레이너라고 주장한다. 그는 육체는 죽었지만 자신의 의식은 여전히 존재하며, 따라서 자신의 죽음을 둘러싼 수사는 필요 없다고 말한다. 결국 사건은 특수존재범죄수사국(SEID)으로 이관되고, 수사관 이브 서와 카인 진이 조사를 맡게 된다. 그러나 수사가 진행될수록 그들이 마주하는 것은 단순한 사망 사건이 아니었다. 육체와 의식, 기억과 자아. 인간을 인간답게 만드는 것은 과연 무엇인가. 그리고 아담 레이너를 죽인 사람은 누구인가.

어느 자산가의 별장에 모인 네 명의 영애와 그 집사들. 그녀들은 이 별장의 주인인 마나카 씨의 외아들, 세이이치로의 약혼자 후보이며, 오늘 밤 만찬회에서 정식 약혼자가 발표될 예정이었다. 그러나 당일은 저녁부터 거센 폭풍우가 몰아쳐, 아버지 마나카 씨가 별장에 도착하지 못했기 때문에 약혼자 발표는 취소되었다. 그리고 다음 날 아침, 세이이치로의 시체가 발견되었다. 과연 그를 죽인 것은 대체…? 영애와 집사가 짝을 이루어 진행하는, 협력도 있고 배신도 있는 머더 미스터리!

쨍하게 내리 쬐는 햇빛 속에서 유유히 파도를 지나가는 [플라잉 더치맨]호. 선장[게이트]의 지시를 받으며 배는 앞으로 나아간다. [이대로 계속 전진해라! 목표는 [그랜드 골]!] 늘 습관처럼 내뱉는 그의 우렁찬 목소리에 배 위에 있는 모든 선원들은 일제히 대답한다. [그랜드 골]에 얼마 남지 않은 상황 속에서 벌어진 치열한 전투. 승리를 거머쥔 쪽은 [플라잉 더치맨]이었으나, [뉴 게이트]는 아니었다. 선장 [뉴 게이트]의 죽음은 누구의 손에서 벌어졌는가. 1. 단순한 전투의 사고? 2. 누군가의 배신? 3. 스스로 벌어진 자살? [해적 룰에 따라, 망자의 길을 밝혀줄 범인을 찾아내어 선장[게이트]의 죽음 밝혀내야 한다.]

이카루가(斑鳩)라는 이름은 이 근방에서는 널리 알려진 이름이었다. 이카루가 가문은 대대로 이어져 온 유서 깊은 가문으로, 이 근방에서는 단연 돋보이게 부유한 집안이었다. 당주인 토라지로(寅次郎)는 실업가로, 원래도 충분한 양이 있었던 이카루가 가문의 재산을 몇 배, 아니 그 이상으로 불리는 데 성공했다. 그러던 어느 날, 이카루가 가문의 저택에서 사건이 일어났다. 당주인 토라지로가 시체가 되어 발견된 것이다. 용의자가 된 것은 그날 저택 안에 있던 5명. 5명은 진상에 다다르기 위해 논의를 시작한다.