소수 정예가 모인 「로나에나 기숙학교」의 학생이 되어 사건의 진실을 파헤쳐라! 2023년 봄. ‘기숙학교’로 운영되는 교육 시설 「로나에나 학교」가 설립되었다. 전교생수는 불과 108명인 소수 정예 교육시설이다. 모든 학생들은 ‘페르소나 랩’이라고 불리는 생활공간겸 연구공간인 방을 제공받아 학업과 연구로 하루하루를 보내게 된다. 2024년 8월의 어느 날. 로나에나의 학생 중 한 명인 츠쿠요미가 자신의 방 「페르소나 랩」 #001에서 숨진채 발견되었다. 로나에나의 규칙은 “학교 안에서 일어난 모든 일은 학교 스스로 해결하자”이다. 그렇기에 학교 내에는 ‘특별수사팀’이 설치되어 있었고, 이번 사건에는 특별수사팀의 에이스 아이린이 파견되었는데... 당일 페르소나 랩 #001이 있는 13층을 드나든 사람은 없었으므로, 용의자는 같은 층에 페르소나 랩을 가진 5명의 학생 뿐. 이제 아이린과 5명의 용의자에 의한 범인 찾기가 시작된다.