2147년 미국. 가정용 범용 휴머노이드가 보급된 지 오래인 이 시대에, 최대 휴머노이드 제조사인 프라이봇 사를 모르는 사람은 극히 드물다. 어느 날, 그 창업자인 케일럽 프라이어의 자택에서 사건이 일어난다. 프라이어 가의 5명과 그날의 방문자 3명, 총 8명 가운데에서 범인 찾기가 시작된다. 아니, 정확히는 6명과 2대라고 해야 할까. 그들은 휴머노이드이니까.

2147년 미국, 가정용 범용 휴머노이드가 보급된 지 오래되어 미국 전역 세대의 7할에 그것이 도입되어 있다. 그중 8할의 점유율을 자랑하는 제조사, 프라이봇 사의 창업자이자 최고경영책임자인 케일럽 프라이어의 자택에서 사건은 일어난다. 어느 날 아침, 차남 에드거가 자신의 침실에서 시체로 발견되었다. 프라이어 가의 거주자 5명과 그날의 방문자 3명, 총 8명 가운데서 범인 찾기가 시작된다. 아니, 정확히는 6명과 2대라고 해야 할까. 그들은 휴머노이드이니까.

이곳은 전설의 비보가 잠든 마리프트와 섬. 8명의 탐험대는 섬에서 기다리고 있던 연구원 1명과 합류해 모래사장에 모였다. 비보를 찾아, 리더 브라이스의 지휘 아래 모두 함께 섬을 탐색한다. 그리고 한밤중, 브라이스의 시체가 발견되었다.

세계 제일의 전력을 가진 대국 「매지컬」. 이 나라가 그렇게 불리는 이유에는, 혼자서 1개 사단에 필적하는 전력을 지닌 「마법소녀」의 존재가 크다. 그런 각 지역의 마법소녀와 그 파트너가 몇 년에 한 번 모여 열리는 「마법소녀 회의」. ――그 회장이 된 저택에서, 마법소녀 시온이 누군가에게 살해당했다. 용의자는 같은 저택에 있던 당신들뿐. ――이 사건의 끝에서, 당신들은 무엇을 생각하고 어떤 길을 걸어가게 될까.

“꿈꾸던 자신이 될 수 있다” 그런 소문이 마스미 연못에는 있었다. 그냥 소문일 뿐이라고 생각했어? 현실은 바뀌지 않는다고? 그렇지 않아. 이건 진짜 ‘오컬트’니까.

-메데타시 메데타시(그리하여 행복하게 살았답니다), 그 조금 뒤, 주인공 무참히 죽다.- 옛날 옛적 일본을 꼭 닮은 세계, 모모타로의 오니가시마 토벌로부터 반년 뒤. 한밤중 0시, 목욕재계를 마친 모모타로를 맞이하기 위해 모인 일동. 바위문을 열자 그곳에는 숨이 끊어진 모모타로의 시체가 나뒹굴고 있었습니다. 범인이 이 안에 있다고 확신한 당신들은 추궁을 시작하기로 했습니다만…

조금 앞날의 일본. 사람 없는 ‘무인 운전’이 당연해진 나라. 북쪽 바닷가 마을의 언덕 위에 전자동 식물공장이 있습니다. 시설을 관리하는 것은 30년 동안 일해 온 관리 AI ‘조바’. 오늘 12시, 공장은 완전한 무인 운전으로 전환되고 조바는 초기화됩니다. 그것을 지켜본 뒤 퇴직할 예정이던 공장장이 육성탑 보이드의 바닥에서 발견되었습니다. 기계는 거짓말을 하지 않습니다. 게이트의 기록도, 로봇의 기록도, 관내의 기록도 전부 남아 있습니다. 그런데도 기록끼리 서로 어긋납니다. 용의자는 보수 기사·본사 감사실·연구원·본사 기술부·마을 입회인·공장장의 손주. 눈보라로 길이 묻혀, 경찰이 도착하는 것은 12시입니다.

10년 이어진 심야 엽서 프로그램이 오늘 밤으로 끝납니다. 방송은 24시부터 26시까지. 이 방송국에서는 심야에도 시각을 이어서 씁니다. 26시 정각, 방송은 무사히 끝났습니다. 그로부터 6분 뒤——부조정실에서 프로듀서가 쓰러져 있는 것이 발견됩니다. 방송국에 있던 건 다섯 명뿐이었습니다. 손에는 초 단위까지 남은 기록이 있습니다. 방송 대본. 큐시트. 믹서 콘솔 조작 로그. 출입 기록. 그 전부가 조금씩 어긋나 있습니다. ——25시 12분. 그 방에서 무슨 일이 있었던 걸까.

알찬 고교 생활을 보낸 대학생 ‘호시조라 미코(미코)’. 친구인 ‘아마다 마모루(마모루)’, ‘후쿠하라 쓰루기(쓰루기)’, ‘하나사키 고노하(고노하)’, ‘다카하시 리카(리카)’ 4명과 여동생 ‘호시조라 노조미(노조미)’는 사이좋은 6인조였다. 대학이 여름방학을 맞으면서, 모두와 오랜만에 만나고 싶었다. 고교 시절 추억의 장소인 구교사에서 천체 관측을 하기 위해 모두를 불러 모은다. 미코, 그리고 친구들에게 비참한 밤이 되리라는 것도 모른 채. 미지근한 공기와 하늘을 뒤덮은 두꺼운 구름. 그녀들의 비극의 막이 오른다.